In het najaar komen klustervliegen samen in zwermen en gaan ze op zoek naar een plek om te overwinteren. Dit kan bijvoorbeeld zijn in holle bomen, maar ook in spouwmuren of holle ruimten in huizen, flats en kantoorpanden. Hoge gebouwen, maar ook zolders hebben hun voorkeur. Tijdens de overwintering zitten vliegen stil, maar ze kunnen actief worden en rondvliegen wanneer ze worden verstoord of wanneer de ruimte wordt verwarmd. Het vlieggedrag ziet er dan moe en onhandig uit.
In het voorjaar, als de zon gaat schijnen en het warmer wordt, ontwaken de klustervliegen uit hun rusttoestand. Tijdens de eerste warme dagen zullen zij nog in de buurt blijven van de plek waar ze hebben overwinterd. Na enkele weken zullen zij hun overwinteringsplaats de rug toekeren en uit vliegen.
